Linux系统的SLURM集群常用终端命令

以下是运行在Linux操作系统上的SLURM集群的常用终端命令集合，常用于高性能计算机 (HPC, High-performance Computing)的使用。

0. 使用 sbatch 提交任务
sbatch python_task.sh

1. 使用 squeue 查询节点上的任务列表
squeue -w xln01

2. 使用 scontrol show job 查询具体任务详情（包含该任务的最大可运行时间限制，CPU核心数，以及运存分配情况）
scontrol show job <JobID> 如 scontrol show job 17823121

3. **squeue** 默认只展示任务的概要信息，如果想直接用 squeue 查看所有任务的详细信息，可以使用 格式化输出选项，比如：
squeue -w xln01 -o “%.18i %.9P %.20j %.8u %.8T %.10M %.9l %.6D %R”

4. 要查询每个 Partition （如bigmem）的内存可用情况，你可以使用 sinfo 命令，搭配格式化输出选项：
sinfo -o “%.12P %.10a %.8l %.10e %.8m %.8c %.10d %N”

5. 查看每个分区的详细资源信息，包括最大内存限制和最大运行时长限制：
scontrol show partition

6. 进入交互式模式
srun –pty /bin/bash

7. 申请特定资源的交互式会话：
srun –partition=<partition_name> –nodes=1 –ntasks=1 –cpus-per-task=4 –mem=16G –time=01:00:00 –pty /bin/bash

如进入bigmem这个节点的交互式界面：
srun –partition=bigmem –nodes=1 –ntasks=1 –cpus-per-task=4 –mem=16G –time=01:00:00 –pty /bin/bash

如果想进入 Stata 18 的交互式命令界面，完整版的命令如下：

module load Stata/18
srun –partition=bigmem –nodes=1 –ntasks=1 –cpus-per-task=4 –mem=16G –time=01:00:00 –pty /bin/bash
stata

依次分别输入上述命令，可直接进入Stata的交互式命令界面

退出交互式界面：
exit

8. 启动交互式模式后，先加载R，然后可以直接进入R
module R
R

9. 在交互式模式的R中，退出R的命令如下：
q()

10. 彻底退出交互式模式：
exit

11. 取消一个正在运行的任务
scancel <JobID>

12. 查询bigmem分区的正在排队等待的各个任务的优先级
sprio -p bigmem

13. 显示 long partition的完整详细信息（long可以替换为bigmem等），包括该分区的所有配置，如时间限制、节点分配、最大核心数等。
scontrol show partition long | grep Nodes

14. 获取long partition 所有节点的总内存信息 （注：HPC的long partition 的每个节点最大只有128G内存）
sinfo -N -p long -o “%N %m”

15. 批量查询bigmem partition 所有节点的可用内存情况（最常用！）
for node in $(sinfo -N -p bigmem -o “%N”); do
echo -n “$node: “; scontrol show node $node | grep Memory
done

16. 遇到换行符问题如何解决。
使用sbatch命令提交task.sh后如果终端报错如下：
sbatch: error: Batch script contains DOS line breaks (\r\n)
sbatch: error: instead of expected UNIX line breaks (\n).

这意味着sh脚本文件包含 Windows（DOS）格式的换行符 \r\n，而 Linux 需要的是 UNIX 格式的换行符 \n。因此该sh文件无法运行在Linux上。

此时直接在终端上输入下面的命令即可解决（会将Windows的换行符自动转换为Linux的）。
sed -i ‘s/\r$//’ task_bd_3.sh

17. 查看已经完成的任务的内存占用情况
sacct -j <JobID> –format=JobID,JobName,MaxRSS,Elapsed,State

sacct -j 17864074 –format=JobID,JobName,MaxRSS,Elapsed,State